Die Siedlung führt ihre Anfänge auf einen Einsiedler namens Alto zurück, der sich hier um 750 niederließ und eine Zelle gründete. Er bekam vom Frankenkönig Pipin den Wald geschenkt, der bis heute den Namen „Altowald“ trägt. Alto gründete im Anschluss an seine Zelle ein kleines Klösterlein, dessen Kirche der heilige Bonifatius geweiht haben soll. Der Name „Altomünster“ entstand aus den beiden Namen „Alto“ (Heiliger Alto) und „Münster“ (frühere Bezeichnung für Kloster). 

1991 beging man das Doppeljubiläum, die „600-jährige Heiligsprechung der hl. Birgitta“ und „600 Jahre Stadt- und Marktrechte“. 1997 fand eine 500-Jahrfeier statt, die mit der Eröffnung des Museums Altomünster als Birgitten- und Klostermuseum gekrönt wurde und 2003 gedachte man der Geburt der Heiligen vor 700 Jahren. Im Jahr 2009 erinnerten dann „Historische Brauertage“ an die 1658 ratifizierte Zunftordnung für die Altomünsterer Brauereien.